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1981年南京被国家列为全国15个经济中心城市之一；2004年经济中心定位指数排名南京列中国大陆第六，仅次于京沪广深津。[7] 2013年实现地区生产总值8011.78亿元，列全国第十二位[66] ，增长11%；公共财政预算收入831.3亿元，增长13.4%；全社会固定资产投资5250亿元，增长12%；社会消费品零售总额3500亿元，增长13.5%；城市居民人均可支配收入40000元，增长10%；农民人均纯收入16500元，增长12%。

2013年南京产业结构为，第一产业占据2.3%，第二产业占据43.3%，第三产业占据54.4%，第三产业比重位列国内第五，前四为北上广深。[68] 2014年中国区域中心城市竞争力评估，南京仅次于深圳广州。

第一产业
南京是中国重要的农业和商品粮基地之一，主要经济作手有油菜、棉花、蚕茧、麻类、茶叶、竹木、水果、药材等。由于长江两岸水网交织，湖泊密布，水域广阔，水质肥沃，因此也是中国重要的淡水渔业基地之一。[25]

2013年农林牧渔及农林牧渔服务业总产值351.31亿元，比上年增长10.3%。其中，农业产值完成205.23亿元，增长11.9%；林业产值完成3.66亿元，增长8.1%；牧业产值完成52.04亿元，增长1.7%；渔业产值完成73.79亿元，增长12.7%；农林牧渔服务业产值完成16.59亿元，增长10.1%

第二产业
南京是中国近代工业的摇篮，1865年金陵制造局的诞生标志着南京近代工业的开端。英商和记洋行、津浦铁路南段机厂（南京浦镇车辆厂的前身）、永利化学工业公司亚厂（南京化学工业公司前身）、中国水泥股份有限公司等一批知名企业的成立，形成了南京近代工业的雏形。
南京是国家重要综合性工业生产基地、现代服务中心和先进制造业基地，电子化工生产能力居全国第二位，车辆制造规模居第三位[71] ，被国家九个部委列为中国投资硬环境“四十优”城市，中国城市综合实力“五十强”第五名。
南京本地的知名企业有熊猫电子、扬子石化、金陵石化、跃进汽车、江南光电、苏宁环球、雨润、太平洋建设、苏宁电器、五星电器、宏图三胞等。

2013年规模以上工业企业实现工业总产值12647.14亿元，比上年增长11.8%。

第三产业
南京是国家发改委定位的“全国重要区域金融商务中心” ，金融业是南京经济发展的重要支柱产业，金融总量及金融资源占江苏省的四分之一 ，金融中心指数居全国第六[76] ，总部经济排名全国第七。
会展业是南京重要的产业，南京会展经济在中国各大城市中仅次于北京、上海、广州和深圳。 2013年共举办大中型展览和会议2510个，大型特大型展览35个，全年拉动经济450亿元。
软件产业是南京着力培育的第一大主导产业和支柱产业，2013年软件和信息服务业收入2620亿元，其中软件业务收入2309亿元，列北京、深圳、上海之后，居中国第四、江苏第一，规模占全国的7.5%、占江苏的44.6%。
文化产业也是南京国民经济支柱性产业，2013年文化产业实现增加值440亿元，占GDP比重达5.4%。[83] 主城区服务业占GDP比重平均达到82%，鼓楼、玄武、秦淮三区服务业占比超过90%。